القبــــــــة الخضـــــــراء
لم يكن على الحجرة الشريفة قبة وكان سطح المسجد على ما يوازي الحجرة حظيرة من الآجر بمقدار نصف قامة تمييز للحجرة المطهرة عن بقية سطح المسجد والسلطان قلاوون الصالحي هو أول من أحدث على الحجرة المطهرة قبة عام 678هـ مربعة من أسفلها مثمنة من أعلاها بأخشاب أقيمة على رؤوس السواري المحيطة بالحجرة المشرفة وسمر عليها ألواحاً من الخشب وصفحها بألواح الرصاص وجعل محل حظير الآجر حظيرا من خشب .
وجددت القبة زمن الناصر حسن بن محمد قلاوون ثم اختلت الواح الرصاص عن موضعها وجددت
وأحكمت أيام الأشرف شعبان بن حسين بن محمد سنة 765هـ وحصل بها خلل واصلحت
زمن السلطان قايتباي سنة 881هـ .
عمارة القبة بعد الحريق الثاني
وقد احترقت المقصورة الشريفة والقبة في حريق المسجد النبوي الثاني سنة 886هـ في عهد السلطان قايتباي فجددت القبة وأسست لها دعائم عظيمة في أرض المسجد النبوي وبنيت بالآجر بارتفاع متناهٍ وقد حصل بين الجدار الشرقي للمسجد وبين الدعائم المحدثة ضيق فهدم جدار المسجد الشرقي وزحف به إلى البلاط ناحية مصلى الجنائز بمقدار ذراع ونصف ولم يسقط شيء من حريق القبة على الحجرة المطهرة فقد كانت القبة الصغرى التي بناها قايتباي على الحجرة والقبور الشريفة مانعة لذلك .
بعد ما تم بنا القبة بصورة الموضحة تشققت من أعاليها ولما لم يجدِ الترميم فيها أمر السلطان قايتباي بهدم أعاليها وأعيدت محكمة البناء بالجبس الأبيض فتمت محكمة متقنة عام 892هـ .
تجديد القبة زمن السلطان محمود العثماني
بعد عدة قرون ظهرت شقوق في أعلى القبة زمن السلطان محمود بن عبد الحميد خان العثماني فأصدر
أمره بتجديدها فهدموا أعاليها وأعادوها في غاية الأحكام والإتقان وكان ذلك سنة 1233هـ ولا تزال
على تلك الحال حتى الآن .
أول من صبغ القبة الخضراء باللون الأخضر
في سنة 1253هـ صدر أمر السلطان محمود بن عبد الحميد خان العثماني بصبغ القبة المذكورة باللون الأخضر وهو أول من صبغ القبة بالأخضر وكان لونها قبل ذلك أزرقا على ألواح الرصاص ، ثم لم يزل يجدد صبغها بالأخضر كلما احتاجت لذلك إلى يومنا هذا.
وسميت بالقبة الخضراء بعد صبغها بالأخضر وكانت تعرف بالبيضاء والفيحاء والزرقاء .
وفي عام 1296هـ في شهر شعبان سقط شباك كبير من شبابيك القبة الخظراء بسبب هبوب ريح عاصفة ، وتم تعميره بأمر السلطان عبد الحميد خان .
القبة الصغرى تحت القبة الخضرا
بنى السلطان الأشرف قايتباي قبة صغيرة على الحجرة النبوية تحت سقف المسجد بدلا من السقف الخشبي للحجرة النبوية وذلك قبل حريق المسجد النبوي الحريق الثاني وكان ذلك البناء عام 881هـ ..فقد اقتضى رأيه إبدال السقف الخشبي للحجرة بقبة لطيفة تحت سقف المسجد النبوي .وبيضوا هذه القبة وجميع جدرانها من خارجها بالجص . ويبلغ ارتفاع القبة من أرض الحجرة النبوية إلى محدب القبة وهو أعلاها ثمانية عشر ذراعا وربع أي حوالي تسعة أمتار . وقد تم العمل بها في السابع من شوال عام 881هـ .